شورای عالی انقلاب فرهنگی به عنوان "عالی‌ترین " مرجع سیاستگذاری و تعریف خط مشی فرهنگی و آموزشی کشور به شمار می آید و بر اساس اختیارات تعریف شده در شرح وظایف متناسب با برنامه های کلان این حوزه، برای وضع قوانین و مقررات متناسب با نیازهای جامعه در حوزه های مرتبط گام بر می‌دارد.

از آنجا که وظایف و اختیارات شورای عالی انقلاب فرهنگی و همچنین جایگاه حقوقی مصوبات آن در بعضی موارد مورد اختلاف نظر واقع می شد، پس از تشکیل شورای عالی انقلاب فرهنگی در سال 1363، حضرت آیت‌الله خامنه‌ا‌ی( رئیس جمهور وقت) در بهمن ماه سال 63 طی استفساری(نامه شماره 9718/1 مورخ 29/11/1363) از حضرت امام(ره) این چنین مرقوم کردند:
" محضر مبارک رهبر انقلاب حضرت آیت‌الله‌العظمی امام خمینی(مد‌ظله‌العالی)،
شورای عالی انقلاب فرهنگی برای تأمین اهداف و دستوراتی که در حکم حضرتعالی بدان تصریع شده، ناچار است، ضوابط و قواعدی وضع کند. همکاری و دخالت قوه قضائیه در موارد لزوم، منوط به آن است که مصوبات این شورا دارای اعتباری در حد قانون باشد. مستدعی است، نظر شریف در این‌باره را ابلاغ فرمایید.
"سید علی خامنه‌ای، رییس جمهوری اسلامی ایران. "
حضرت امام خمینی در پاسخ به نامه مزبور چنین فرموده‌اند:
" بسمه تعالی، ضوابط و قواعدی را که شورای محترم عالی انقلاب فرهنگی وضع می‌نمایند باید ترتیب آثار داده شود.
روح‌الله الموسوی الخمینی
6 اسفند 1363 "
بدین ترتیب شورای عالی انقلاب فرهنگی بر حسب وظایف و اختیارات تعریف شده، فصل جدیدی از برنامه‌ها را آغاز کرد.

حضرت آیت الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب در تاریخ 75/9/14 با صدور پیامی در خصوص شورای عالی انقلاب فرهنگی بر اهمیت خطیر، جایگاه و وظایف مهم آن تأکید فرمودند:
" شورای عالی انقلاب فرهنگی که با تدبیر حکیمانه‌ امام راحل عظیم الشان به جای ستاد انقلاب فرهنگی پدید آمد، نقش فعال و مؤثری را در عرصه‌های امور فرهنگی کشور به خصوص دانشگاه‌ها ایفا کرد و برکات زیادی از خود به جای گذارد. اکنون با پیشرفت کشور در کار سازندگی و گسترش دامنه نیاز به دانش و تخصص ولزوم فراگیری علوم و فنون، پرورش محققان، نوآوران، استادان، متخصصان کارآمد، توسعه دانشگاه ها و کارآمد، اهمیت این بخش از مسایل فرهنگی تأکید مضاعف یافته است. توسعه دانشگاه‌ها و پژوهشگاه‌ها و دیگر مراکز آموزشی و آموزش عالی که پاسخ طبیعی به آن نیاز است و افزایش چشمگیر کمیت دانشجویی، به نوبه‌ خود تکلیف تازه‌ای را بر عهده مسئولان امور فرهنگی کشور می‌گذارد که برتر از همه‌ آنها اولاً کیفیت بخشیدن به مایه‌ی علم وتحقیق دراین مراکز و ثانیاً پرداختن به تربیت معنوی دانشجویان و هدایت فکر و عمل آنان است. "
رهبر معظم انقلاب همچنین در دیدار اعضاى شوراى عالى انقلاب فرهنگى در تاریخ 75/9/20 درباره "لازم الاجرا بودن مصوبات شورا " می‌فرمایند: ما در آن زمان، خدمت امام (رحمه الله علیه) نوشتیم که ترتیبی داده بشود که مصوبات این جا تضمین بشود. ایشان فرمودند که مصوبات این شورا باید اجرا شود ـ یک تعبیر شبیه به این - ایشان تعبیر قانون نیاوردند؛ یعنی تقید داشتند که ما واقعاً نخواهیم مرکز قانون گذاری - به این معنا - درست کنیم. بله، باید ترتیب اثر داده شود؛ این است. یعنی بایستی اجرا بشود. تعبیر ایشان، یک چنین تعبیری بود که ایشان اسم قانون نیاوردند. به عنوان مرکز قانونگذاری قرار ندادند. کما این که مجمع تشخیص مصلحت هم مرکز قانون گذاری به این معنا نیست. طبعاً مجلس شورای اسلامی مرکز قانون گذاری است؛ لیکن مصوبات این جا باید اجرا بشود. حالا باید ترتیبی داده بشود که آن چیزی را که مورد نظر شریف ایشان بود - به نظر ما هم همین خوب است که ما بتوانیم کاری بکنیم که آنچه این جا تصویب می‏شود - حتماً اجرا بشود. به صورتی نباشد که این جا یک عده از افراد متفکر، صاحب منزلت فرهنگی و فکری و اجتماعی و غیره بنشینند و چیزی را تصمیم گیری بکنند، بعد ناگهان مثلاً‌ مجلس در حاشیه یک مصوبه،‌همه‏ آنها را نقض کند و بی نتیجه شود. این مصلحت نیست.
رهبر معظم انقلاب در گفتار دیگری با تاکید برقانونی بودن مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی و لزوم عمل به مصوبات این شورا از سوی همه دستگاه‌های ذیربط در دیدار اعضاى شوراى عالى انقلاب فرهنگى در تاریخ 76/11/4 می فرمایند: "به بنده گزارش دادند که بعضی از دستگاه‏ها مصوبه این جا را خیلی تحویل نمی‌گیرند! معلوم است که تخلف می کنند. باید با تخلف برخورد بشود، باید دنباله گیری بشود، به آنها اخطار بشود و موظف بشوند که به آنچه از این جا ابلاغ می شود، ترتیب اثر بدهند و مثل یک امر واجب الاطاعه، اطاعت بکنند. "
ایشان همچنین شورای عالی انقلاب فرهنگی را در مواردی بالاتر از مجمع تشخیص مصلحت نظام معرفی می‌کنند چنانکه در دیدار اعضاى شوراى عالى انقلاب فرهنگى در تاریخ 78/9/23 می‌فرمایند: "به نظر من این جا هیچ شبهه‌ قانونی ندارد؛ من دارم قاطع می‌گویم. بنده، بی‌اطلاع از قانون اساسی نیستم، این جا برابر قانون است؛ چون امام این را تأکید و تصویب کرده و آنچه را که امام و رهبری تصویب بکند و قرار بدهد، طبق قانون اساسی، مُرّ قانون است و هیچ مشکلی ندارد. اگر در قانون اساسی و در مفهوم این معانی هم شبهه‌یی هست، از شورای نگهبان سؤال بکنید؛ قطعاً همین را پاسخ خواهند داد.
شورای عالی انقلاب فرهنگی و شوراهای گوناگون دیگری وجود دارد که همه‌ اینها یا به یک واسطه، یا بی‌واسطه، مصوبه‌ زمان امام "‌رضوان الله علیه " است؛ به هر حال مصوبه‌ مقام رهبری هستند و از لحاظ قانونی، هیچ اشکالی ندارند. الان مشکلات فراوانی برای دولت پیش می‌آید که از همین طریق حل می‌شود؛ باید هم حل بشود، هیچ اشکال قانونی هم ندارد. "
تاکیدی دیگر در بند 24 وظایف شورای عالی انقلاب فرهنگی آمده است: تصویب ضوابط تأسیس مؤسسات و مراکز علمی، فرهنگی، تحقیقاتی، فرهنگستان ها، دانشگاه ها و مراکز آموزش عالی و تصویب اساسنامه هر یک و تجدید نظر در اساسنامه های مؤسسات مشابه عنداللزوم با این شورا است .
این جای بسی تعجب است که قوه قضاییه، بند 24 وظایف شورای عالی انقلاب فرهنگی را نقض کرده و با صدور دستور موقت مبنی بر منع و توقف اجرای اساسنامه جدید دانشگاه آزاد اسلامی در کار شورای عالی انقلاب فرهنگی خلل وارد کرده و به نوعی از اجرای قانون توسط شورای عالی انقلاب فرهنگی ممانعت به عمل آورده است .
به نظر می رسد با وجود نظر صریح بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران و همچنین نظرات روشن و موکد رهبر معظم انقلاب درخصوص الزام آور بودن مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی، تصمیم اخیر اعلام شده از سوی یکی ازشعبات قضایی محل تامل جدی بوده و لزوم پیگیری دلایل اتخاذ این تصمیم و اطلاع رسانی درخصوص عوامل سنگ اندازی دربرابر اصلاح مدیریت دانشگاه آزاد اسلامی که چیزی شبیه به یک سلطنت بی رقیب شده است ضروری است.